XVII wiek. Do Europy docierają niepokojące wieści z odizolowanej od świata Japonii. W kraju, w którym trwa bezwzględna walka szogunatu z chrześcijaństwem, wiara i przekonania poddawane są najcięższej próbie. Nie wszyscy potrafią znieść zadawane im cierpienia. Niektórzy wyrzekają się Chrystusa. Gdy pojawiają się pogłoski o wyparciu się wiary przez prowincjała ojca Ferreirę, dwaj młodzi jezuici potajemnie przedostają się do Kraju Kwitnącej Wiśni, by odszukać swojego mistrza. To, co zobaczą, każe im zadać sobie pytania o własną wiarę.
Oparta na prawdziwych wydarzeniach książka Shusaku Endo to opowieść o Bogu patrzącym w milczeniu na ludzkie cierpienie i ludziach próbujących to milczenie zrozumieć.
Martin Scorsese, zafascynowany powieścią, chciał sflmować tę historię już 25 lat temu. W końcu mu się to udało. 30 lat po Misji powstało kolejne filmowe arcydzieło mówiące o zderzeniu dwóch cywilizacji i religii.